O INSTITUTO DE ENSINO E PESQUISA APAE DE SÃO PAULO tem como uma de suas atuações Projetos em parceria com órgãos públicos, Instituições de Ensino e Pesquisa para capacitação da Rede Pública e Organizações Sociais, ou ainda Pesquisas em parceria como busca de dados atualizados como forma de dar consistência às suas ações no âmbito da Deficiência Intelectual.